三种高通量测序仪区别比较(网!

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三种高通量测序仪区别比较(

2024-08-13 06:39:26 来源:网络

三种高通量测序仪区别比较(

高通量测序是什么技术,一二三代的区别,测序注意事项??
技术变迁🐪*——_🐸🐃:从Sanger到NGS自DNA双螺旋结构被发现以来🕸🌙|_😺🌿,Sanger测序因其高精度但通量低🪶————🐌🌵,逐渐被新一代测序技术(如Illumina和Roche的平台)所取代🦌🐋——😖🌼。NGS以其高通量和成本优势🤗——🌻💐,如Ion Torrent和SOLiD技术🏉_🦋,实现了大规模基因组研究的可能💀🐐|💐🐦。Illumina系列如HiSeq🙊🎱-🐵🌴、NextSeq和NovaSeq🤖🐡——🧶🌿,通过化学反应和高密度测序🌨♠|_🤣,实现了读还有呢?
a tale of three next generation sequencing platform: comparison of ion torrent, pacific bioscience and illuminar miseq sequencers comparsion of next-generation sequencing systems 另外有消息说🙃————🌼🌔,PGM的读长已经达到400bp了🌼_🦙,因此在通量上也应该会有相应的增加😟🐕_🕸。这是一个高通量测序的战国时代🌥_——🐿。谁能后面会介绍😩🐸——-🌤。

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illumina高通量测序??
数据分析相差不大😤🌨_-🪲,只是不同的软件🦇——🐐,应用方面两者各有优势🌨_🐖🍁,Hiseq2000数据适应性更高🥅🐕——😇。454一般是宏基因组种群丰度测序上应用更好一些🌹——_🐣,不过illumina也有MIseq代替🪅🦛-——🌷。3.通量和价格HISEQ2000的通量要高一些🐅😭__🥍🐳,价格比454便宜很多🐗*_🦑🐷。综合来讲454现在应用面比较窄了🐋🎈_-🐤🐅,所以在市场上现在也慢慢被代替掉了🤤——🦕🐕。现在耗材还有呢?
首先从原理上说🦢-🤠🐍,Illumina测序芯片是桥式扩增🌺🐵-_🪢,形成“簇”🐼_|🦁,终止子法😂🐤-|🎾,双向测序😂🦚_⛈😦;454是磁珠法扩增🦑☄️——☁️😛,利用聚合反应副产物PPi后续反应🐑🦆——_🐥,得到荧光🐨🦢|🦋;ABI的SOLiD系统同样是磁珠法扩增🐫-——🐿🎮,但利用的是连接反应(具体方法略显复杂)🐄🤨——🌻🌜。其次从性能上说🧐*——|🐀,Illumina测序仪的通量极大🤖🐉_🤮🎟,目前的HiSeq X已经达到1.6-1.8T😸🌙——🤣😉;454后面会介绍🃏——_🌼。
科普讲堂 | 一代、二代、三代基因测序技术大对比??
1🐸🕹————🌍🪀、DNA文库制备——超声打断加接头🦗🌕——🐫;2🎖🐍_——🦐🥉、Flowcell——吸附流动DNA片段😞🥈|🎄;3🃏🐏-😈😾、桥式PCR扩增与变性——放大信号🙉__🐿;4🐽||*、测序——测序碱基转化为光学信号😣——🪴。二代测序技术虽然通量很高😓--🐖*,成本低廉🎯_——🖼,但是读长实在太短🌝👺|🐗,主流的Illumina测序仪🦝🤯_|🐯,常规模式只能测PE150的长度😁🐡|-🦏🤥,靠着软件算法上的进步才得以可用🐼-**。由此三代测序走等我继续说🦘_|🐱。
SE是single-end 单端测序PE是paired-end双端测序MP是mate-pair end也是双端测序*🌴|🦫。PE和MP的建库方式有点不同😙🤥-*:PE是DNA直接打断成200-500bp😁🦒|🐝🤧,双端加引物接头🥇——-🦡🐼,测序🏅-🐇🐁。MP是DNA先在2-10kb间选择打断大小🦠🌲-——*🐁,生物素标记成环🏑|🐼,打断成400-600bp片段⚡️😸-🐒,捕获生物素标记片段🐊——🐱,双端加引物接头🌕*|*,测序😋🎄__✨🌕。
小白的生信笔记(1)——高通量测序的一些基础知识??
PacBio的SMRT仍然运用边合成边测序的策略🐔_🤧🐼,但是其超强活性的DNA聚合酶是实现超长读长(~1000bp)的关键😋🦝|🐖🤓。反应在纳米管中进行🍀-🍀,方便达到超高通量的目的💐🦁|——*🎋。利用的是ZMW(零模波导孔)原理在超小的纳米孔中区别荧光信号的背景😹——🐳🦂。其测序速度很快😋——🐩,每秒约10个dNTP🪅-_🕹🐐。目前的问题在于测序的错误率太高(81-83%),这也是大多数三代是什么🐷————🐺。
Applied BioSystem(ABI)的3730xl DNA测序仪曾是市场主导者🐩——|🐏🐅,但遭遇了来自Roche GS FLX sequencer和Illumina的Solexa基因组分析平台的挑战🏈——🐈😼。面对这一局面*--🐲,ABI在2007年推出了自主研发的SOLiD测序仪🤪——🍂👹,这三大平台代表了高通量测序技术的里程碑🦮——🤡。(见表一)下面是各测序平台的简介🐏-|🐼🐳:Applied Biosystems (ABI): 好了吧🐂🐌--🌘🎣!
高通量测序技术 中的“高通量” 是什么意思??
3700🦛🐒|🦃、MegaBace等仪器上的测序也是高通量测序🌳🦏|🦋,是相对手工测序或者跑平板胶来说的🎎--😏。不过到2005年以后🐿😎|-🍂😮,高通量测序就改指第二代测序(Next generation sequencing)😾——☁️,454☁️🐕‍🦺|🌦、Solexa(后改为Illumina)和SOLiD等第二代测序☀️-——🐗🕸,比3730等第一代测序的通量提高了成千上万倍🦟_|👿😟,甚至上亿倍🌍💮——🐲🐌,所以称为高通量测序🐪————🐉🤧。
在高通量测序有三种测序模式(现在大部分2种🦓-——🐐,single-end比较少了454和以前的illumina GA为single -end)🪅*|_🍂,single-end(单端测序🤪🐒_🐁🕊,只测一条序列的一头)🎫🏓-——🧐,pair-end(双端测序🤿😬_🌧,测一条序列的两头)🌖-|*💐,mate-pair(环化序列测序序列🧵-|🎄😁,然后在环化接口处生物素标记富集🌳-——🐡🎃,测环化的接口处序列)🐲-|👿。你说的PE30好了吧😬🤗——🏈!.